荒祭宮は、内宮に所属する十所の別宮のうち、第一に位しており、御稲御倉、外幣殿を越えて、石段を下りると正宮の北方、やや小高い所に鎮座している。殿舎の規模も他の別宮よりも大きく、正宮に次ぐ大きさである。ご祭神は、天照大御神の荒御魂。神様の御魂のおだやかな働きを、「和御魂」と申し上げるのに対して、荒々しく格別に顕著なご神威をあらわされる御魂の働きを、「荒御魂」とたたえる。
延暦23年（804）撰進の『皇太神宮儀式帳』に、「荒祭宮一院 大神宮の北にあり、相去ること二十四丈 大神宮の荒御魂宮と称す」とあり、延長5年（927）成立の『延喜太神宮式』に「荒祭宮一座 大神の荒魂」とも見える。
お祭りについては、正宮に準じる第一別宮として特別丁重に行われる。祈年祭・神嘗祭・新嘗祭の奉幣の儀も、正宮につづき勅使が参向して幣帛が奉られる。又、神饌の種類や数量も正宮とほとんど同じものがお供えされる。
大祭中の大祭、式年遷宮も、古くから正宮に準じて執り行われている。応仁の乱のころ、長く中絶の止むなきに至った時代もあったが、寛永8年（1631）には再び式年御造替の制が復興され現在に至っている。また、古くからの大祭、神御衣祭が行われるのは、皇大神宮と荒祭宮のみであることからも、この宮の特別な神位がうかがわれる。